Basta ir para o diretório raiz e executar a linha de código. O arquivo vai apagando diretório vazio atrás de diretório vazio. Cygnus (Windows):
find -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;
Linux:
find -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;
OS X:
find ./ -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;